В состав университета входят 12 факультетов, 76 кафедр, Соликамский государственный педагогический институт. Солидную базу для проведения учебных и производственных практик и научных исследований представляют Естественнонаучный институт, особое конструкторское бюро «Маяк», Ботанический сад, учебно-научная база «Предуралье», а также учебно-опытное лесное хозяйство «Троицкое», расположенное в Челябинской области. Фундаментальная научная библиотека университета является одой из крупнейших в регионе.
На всех этапах своего развития университет остаётся востребованным образовательным и научным центром в России. В 2006 году университет стал победителем конкурса в рамках приоритетного национального проекта «Образование», в 2010 году ему присвоен статус национального исследовательского университета.
Сегодня здесь функционируют всемирно известные научные школы. Преподаватели, сотрудники, студенты и их иностранные коллеги трудятся над решением самых актуальных вопросов, в числе которых – рациональное природопользование, технологии снижения риска и уменьшения последствий природных и техногенных катастроф, энергосбережение и водородная энергетика, исследование Земли из космоса, создание новых лекарственных средств. Выпускники университета занимают ключевые позиции во всех сферах экономической, научной, культурной, государственной и политической жизни края, многие из них играют заметную роль в жизни России.
Международная деятельность ПГНИУ направлена на укрепление академического сотрудничества с зарубежными университетами в области совместных научных исследований, разработку учебных программ, а также обмен преподавателями, аспирантами и студентами. Особо значимые образовательные и научные связи сложились с Оксфордским, Манчестер Метрополитан университетами (Великобритания), Университетом Люнебурга (Германия), Словенским университетом (г. Любляна, Словения) и многими другими. Всего на данный момент заключено более 90 партнёрских соглашений с вузами разных стран, а ПГНИУ стал местом обучения почти двухсот иностранных студентов.
Пермский университет стал первым вузом в Прикамье, который стал участником академического рейтинга университетов мира QuacquarelliSymonds (QS). С 2014 году ПГНИУ входит в число лучших высших учебных заведений стран БРИКС, а также стран Восточной Европы и Центральной Азии.